Riguardo alle notizie sull'eventuale neurotossicità di un derivato del mercurio contenuto nei vaccini (Thiomersal, Thimerosal, o Sodio Etilmercurio Tiosalicilato), è necessario fare chiarezza. Il Thiomersal è conosciuto e utilizzato in campo farmacologico da oltre sessant'anni come conservante e antibatterico. Data la sua efficacia nel contrastare la moltiplicazione di batteri e funghi è largamente presente nei vaccini e nei colliri (soprattutto nei flaconi multidose che, una volta aperti, si possono contaminare).
 
La possibile pericolosità deriva dal fatto che una volta assorbito è in grado di liberare mercurio (in particolare viene convertito in etilmercurio). L'etilmercurio, come tutti i derivati organici di questo metallo, tende ad accumularsi nell'organismo umano e animale: si trova in elevate concentrazioni anche nei pesci predatori di grossa mole come ad esempio i tonni.
I soggetti più a rischio risultano essere i neonati per lo sfavorevole rapporto tra quantità di mercurio assimilata e basso peso corporeo, e la maggiore sensibilità del loro sistema nervoso centrale ancora in via di sviluppo.
L'intossicazione da mercurio si manifesta solo in caso di assorbimento di elevati quantitativi della sostanza. La parte del corpo più vulnerabile risulta essere il sistema nervoso: le manifestazioni che ne derivano sono irritabilità, tremori, problemi di vista, difficoltà di apprendimento. Questi effetti si riscontrano però a dosaggi di molto superiori a quelli presenti nei vaccini.
Come misura precauzionale, l'FDA (l'ente americano che regolamenta farmaci e alimenti) ha comunque fissato una data entro la quale le industrie farmaceutiche dovranno eliminare il Thiomersal dalla composizione della maggior parte dei vaccini, al fine di renderli ancora più sicuri.
Anche l'EMEA, l'agenzia europea per la valutazione dei farmaci, già a partire dal luglio del 1999 ha sollecitato la commercializzazione e l'utilizzo di vaccini privi di Thiomersal o di altri composti mercuriali, soprattutto se rivolti all'immunizzazione di neonati e bambini.
In linea generale i benefici che derivano dalle vaccinazioni superano di gran lunga il rischio di manifestare un'intossicazione causata dai derivati del mercurio; la quantità di Thiomersal risulta essere infatti molto al di sotto dei limiti considerati pericolosi, perciò è estremamente improbabile che si manifestino segni di neurotossicità legati alla sola vaccinazione. Non bisogna sottovalutare infatti il rischio che si corre non sottoponendosi o non sottoponendo il proprio bambino alle vaccinazioni (obbligatorie e non), che spesso rappresentano l'unica strategia di prevenzione di malattie gravi e invalidanti.